Никольский скит расположен довольно близко к центральной усадьбе, всего в 20-30 минутах пешком, на отдельном острове, и соединен с основным островом архипелага мостом. Архитектором храма стал самый известный Валаамский зодчий Алексей Максимович Горностаев, который сначала просто приехал на Валаам посмотреть, а потом остался здесь навсегда.