В составе дороги находятся три локомотивных депо (Симферополь, Джанкой, Керчь), вагонное депо в Джанкое, два пассажирских депо с ремонтной базой, одно моторвагонное депо (в Симферополе), дистанции пути, сигнализации и связи, электрификации. До 2016 года у дороги отсутствовала собственная путевая машинная станция (ПМС) для капитального ремонта пути. До 2014 года станции дирекции работали преимущественно на выгрузку, обеспечивая основную долю годовой перевалки портов Крыма, в 2013 году составлявшую 11 млн тонн. Основная погрузка — вывоз флюсов с Балаклавского карьерного управления.